Les structures municipales de l'archipel ont subi bien des transformations depuis la création en 1846 de la première municipalité des Îles-de-la-Madeleine. Cette municipalité, qui couvrait à l'origine l'ensemble du territoire, fut dans un premier temps rattachée au Comté de Gaspé jusqu'en 1855, année où la municipalité des Îles deviendra elle-même municipalité de comté. Cette structure existera jusqu’en 1875, moment où un conseil de comté sera créé à partir de 3 entités distinctes, soit la municipalité de Havre-Aubert au sud, celle de L’Étang-du-Nord au centre et celle de Havre-aux-Maisons au nord. 2001 : Regroupement des sept municipalités locales et de la MRC en une seule entité administrative pour former la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine.
